La Orden Hospitalaria en España dispone de una Comisión Interprovincial, el órgano funcional de coordinación de las tres Provincias españolas, cuya sede se encuentra en Madrid.
Formación: Su ámbito de actuación se centra en:
Centros de Formación:
• Pastoral Juvenil Vocación
• Formación inicial de Hermanos
• Formación permanente de Hermanos:
• Formación de formadores
• Encuentros de Hermanos mayores
• Año Sabático
Misiones y Cooperación Internacional: Su ámbito de actuación se desarrolla mediante:
• La animación y sensibilización misionera de Hermanos y colaboradores, a través de los Delegados Locales.
• Las distintas acciones de cooperación internacional para el desarrollo en colaboración con los centros asistenciales de la Orden Hospitalaria en algunos países de África y América Latina y Asia. Esto se realiza mediante la Fundación Juan Ciudad en su sección ONGD.
Área de Pastoral de la Salud y de Acción Social: Los sectores específicos son:
• Psiquiatría
• Hospitales Generales
• Ancianos
• Transeúntes y marginación
• Educación Especial
Organización y Administración de Centros: Su ámbito de actuación se orienta a:
• Relación con los centros asistenciales a nivel informativo y realización de gestiones concretas.
• Relación con la Administración Pública del Estado y Autonomías (Ministerios de Sanidad, Politica Social e Igualdad, Justicia, Asuntos Exteriores y Consejerías).
• Fomento del diálogo e información entre los Centros y el Servicio de Compras Centralizadas.
• La formación permanente de los colaboradores-trabajadores.
Docencia e Investigación: La Fundación Juan Ciudad desarrollará programas de docencia e investigación a través de los Centros Universitarios de Ciencias de la Salud de la Orden Hospitalaria San Juan de Dios integradas en las Universidades públicas y privadas en el territorio español y a través de la Cátedra San Juan de Dios.
Voluntariado San Juan de Dios: tiene su ámbito de actuación en todo el territorio nacional y un coordinador/a en cada Centro asistencial.
Bajo la cobertura legal de la Fundación Juan Ciudad desde el año 2003, es promovido por la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios y agrupa a todas aquellas personas que quieren comprometerse de forma desinteresada a poner sus capacidades y aporte de su tiempo al servicio de sectores de la sociedad necesitados de ayuda.